Thuế cho nhà thuốc từ 1/1/2026: Cập nhật những thông tin mới nhất

Từ 1/1/2026, chính sách thuế đối với nhà thuốc và hộ kinh doanh (HKD) sẽ có những thay đổi từ phương thức quản lý thuế khoán sang thuế kê khai. Những thay đổi này không chỉ ảnh hưởng đến số thuế phải nộp mà còn tác động đến cách vận hành, quản trị doanh thu, hóa đơn và hồ sơ sổ sách của các nhà thuốc.

Vậy nhà thuốc cần chuẩn bị những kiến thức gì để chủ động trong việc kê khai, xác định mức thuế và hạn chế rủi ro khi nộp thuế? Trong bài viết dưới đây, Mediphar USA sẽ cập nhật những thông tin mới nhất về những thay đổi liên quan đến thuế cho nhà thuốc và hộ kinh doanh năm 2026.

Phân biệt thuế khoán và thuế kê khai

Thuế khoán là gì?

Thuế khoán là phương pháp tính thuế trong đó số thuế phải nộp được cơ quan thuế ấn định dựa trên doanh thu khoán, tức là doanh thu được ước tính theo tình hình kinh doanh của hộ kinh doanh. Đây là hình thức áp dụng cho những hộ kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện chưa đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định.

Theo Thông tư 40/2021/TT-BTC, mức thuế khoán bao gồm thuế GTGT, thuế TNCN và các khoản thu khác do cơ quan thuế xác định sau khi tham khảo:

Hồ sơ kê khai của hộ kinh doanh,
Dữ liệu quản lý thuế,
Ý kiến Hội đồng tư vấn thuế tại xã, phường,
Quy mô ngành nghề và đặc thù kinh doanh.

Mức thuế khoán được xác định theo năm hoặc theo tháng nếu kinh doanh thời vụ và được công khai tại địa phương. Khi hộ kinh doanh thay đổi ngành nghề, quy mô hoặc tạm ngừng kinh doanh thì phải khai báo để cơ quan thuế điều chỉnh mức thuế khoán cho phù hợp.

Thuế khoán được ấn định dựa trên doanh thu khoán

Thuế kê khai là gì?

Thuế kê khai là phương pháp tính thuế trong đó số thuế phải nộp được xác định dựa trên doanh thu thực tế phát sinh theo tháng hoặc theo quý, chứ không dựa trên doanh thu ấn định như thuế khoán. Theo Thông tư 40/2021/TT-BTC, phương pháp kê khai được áp dụng cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh quy mô lớn hoặc các trường hợp chưa đạt quy mô lớn nhưng tự nguyện lựa chọn kê khai.

Khi nộp thuế theo phương pháp kê khai, hộ kinh doanh phải:

Khai thuế theo tháng, trừ trường hợp đủ điều kiện và lựa chọn khai theo quý.
Thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ một số ngành nghề đặc thù có thể xác định doanh thu theo cơ quan quản lý chuyên ngành.
Chịu ấn định doanh thu nếu cơ quan thuế phát hiện số liệu kê khai không phù hợp với thực tế kinh doanh.

Hộ kinh doanh nộp thuế theo phương pháp kê khai không phải quyết toán thuế, giúp giảm bớt thủ tục cuối năm. Đây là phương pháp phù hợp cho những mô hình kinh doanh có doanh thu lớn hoặc muốn minh bạch hóa sổ sách để phục vụ mục tiêu mở rộng, vay vốn, hoặc chuyển đổi lên doanh nghiệp.

Thuế kê khai được xác định trên doanh thu thực tế

Những thay đổi thuế theo Quyết định 3389/QĐ-BTC

Quyết định 3389/QĐ-BTC đánh dấu bước chuyển giao từ cơ chế thuế khoán sang cơ chế kê khai đối với hộ kinh doanh. 7 điểm thay đổi trọng yếu từ 1/1/2026 bao gồm:

Xóa bỏ hoàn toàn thuế khoán cho hộ kinh doanh

Thuế khoán sẽ chấm dứt và toàn bộ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, nhà thuốc, quầy thuốc,… phải chuyển sang tự kê khai, tự nộp thuế thay vì được ấn định doanh thu khoán như trước.

Chuyển sang cơ chế kê khai thuế theo tháng, quý hoặc từng lần phát sinh

Hộ kinh doanh không còn nộp thuế theo mức cố định mà phải kê khai định kỳ theo tháng hoặc quý tùy vào quy mô doanh thu, các giao dịch không thường xuyên phải kê khai theo từng lần phát sinh.

Quản lý doanh thu dựa trên dữ liệu điện tử đồng bộ

Doanh thu của nhà thuốc sẽ được cơ quan thuế đối soát tự động từ hóa đơn điện tử, máy tính tiền, giao dịch ngân hàng, dữ liệu từ sàn TMĐT và phần mềm quản lý bán hàng.

Áp dụng bắt buộc hóa đơn điện tử

Nhà thuốc có doanh thu trên 200 triệu/năm bắt buộc phải xuất hóa đơn điện tử, nhà thuốc lớn hoặc có doanh thu trên 1 tỷ/năm phải sử dụng hóa đơn điện tử từ máy tính tiền với dữ liệu truyền trực tiếp lên cơ quan thuế.

Xem thêm bài viết: Hướng dẫn đăng ký tài khoản kết nối liên thông cơ sở dữ liệu Dược quốc gia

Phân loại hộ kinh doanh theo quy mô doanh thu

Hộ kinh doanh được chia thành các nhóm doanh thu bao gồm doanh thu dưới 200 triệu, doanh thu từ 200 triệu đến 3 tỷ và doanh thu trên 3 tỷ để áp dụng nghĩa vụ thuế và mức độ quản lý tương ứng.

Tăng cường giám sát thuế bằng hệ thống quản lý rủi ro

Cơ quan thuế sẽ phân tích dữ liệu doanh thu, hóa đơn, dòng tiền và lịch sử tuân thủ để xác định mức rủi ro của từng hộ kinh doanh.

Chuẩn hóa trách nhiệm tuân thủ và tính minh bạch của nhà thuốc

Nhà thuốc phải đảm bảo xuất hóa đơn đúng quy định, ghi nhận doanh thu đầy đủ, lưu trữ hóa đơn đầu vào hợp lệ và đồng bộ dữ liệu bán hàng.

7 điểm thuế thay đổi trọng yếu từ 1/1/2026

Lợi ích cho nhà thuốc sau khi áp dụng thuế mới

Dù việc chuyển từ thuế khoán sang kê khai thuế khiến nhiều nhà thuốc lo ngại về thủ tục và quy trình mới, nhưng chính sách thuế 2026 thực tế mang lại rất nhiều lợi ích thiết thực và lâu dài cho hoạt động kinh doanh dược:

Minh bạch nghĩa vụ thuế

Thuế được tính dựa trên doanh thu thực tế thay vì mức khoán ấn định. Điều này giúp nhà thuốc nộp đúng, nộp đủ, không lo bị áp mức thuế cao hơn khả năng kinh doanh.

Tăng uy tín với khách hàng và cơ quan chức năng

Nhà thuốc có đầy đủ hóa đơn, chứng từ và dữ liệu điện tử sẽ tạo được niềm tin với người tiêu dùng và nhà cung cấp đồng thời giúp giảm rủi ro khi có đoàn kiểm tra liên ngành.

Thúc đẩy chuyển đổi số, quản lý hiệu quả hơn

Việc tích hợp hóa đơn điện tử, phần mềm bán hàng và dữ liệu thuế giúp chủ nhà thuốc kiểm soát tồn kho, doanh thu và chi phí chính xác hơn. Từ đó đưa ra các định hướng kinh doanh hiệu quả hơn.

Dễ dàng mở rộng kinh doanh hoặc chuyển lên doanh nghiệp

Doanh thu và dòng tiền minh bạch giúp nhà thuốc thuận lợi khi mở chi nhánh, gọi vốn hoặc chuyển đổi mô hình. Đây là nền tảng quan trọng để phát triển thành chuỗi dược chuyên nghiệp.

Được hỗ trợ miễn phí trong giai đoạn chuyển đổi

Nhà thuốc được ngành thuế hỗ trợ tài liệu, tập huấn, hướng dẫn kê khai và dùng hóa đơn điện tử hoàn toàn miễn phí. Điều này giúp giảm chi phí và tránh vướng mắc khi bắt đầu áp dụng quy định mới.

Lợi ích cho nhà thuốc sau khi áp dụng thuế mới

Mô hình quản lý thuế mới từ năm 2026

Hộ kinh doanh nói chung, nhà thuốc, quầy thuốc nói riêng được phân loại thành 03 nhóm theo doanh thu tính thuế, mỗi nhóm áp dụng mô hình quản lý thuế khác nhau.

Tiêu chí	Nhóm 1	Nhóm 2	Nhóm 3
Doanh thu	Dưới 200 triệu/năm	Từ 200 triệu đến dưới 3 tỷ/năm	Trên 3 tỷ/năm
Trạng thái chịu thuế	Không nộp GTGT và TNCN	Nộp GTGT + TNCN theo tỷ lệ % doanh thu	Nộp GTGT khấu trừ và TNCN theo thu nhập tính thuế
Kê khai thuế	Kê khai 2 lần/năm	Kê khai theo quý + quyết toán năm	Kê khai tháng hoặc quý + quyết toán
Hóa đơn điện tử	Khuyến khích dùng khi khách yêu cầu	– DT > 1 tỷ: HĐĐT từ máy tính tiền – DT < 1 tỷ: HĐĐT thông thường	Bắt buộc dùng HĐĐT có mã hoặc HĐĐT máy tính tiền
Ngân hàng	Không bắt buộc	Bắt buộc mở tài khoản kinh doanh	Bắt buộc mở tài khoản kinh doanh

Kinh doanh qua sàn TMĐT đối với từng nhóm nhà thuốc

Đối với nhóm 1

Nếu bán hàng trên sàn TMĐT có chức năng thanh toán ví dụ như Shopee, TikTok Shop,… sàn sẽ khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế GTGT và TNCN theo tỷ lệ % trên doanh thu. Tuy nhiên, nếu tổng doanh thu cuối năm dưới 200 triệu, nhà thuốc thuộc diện không phải nộp thuế, nên sẽ được hoàn lại phần thuế đã bị sàn khấu trừ.

Trường hợp bán trên sàn không có chức năng thanh toán, nhà thuốc phải tự kê khai và nộp thuế theo từng lần phát sinh hoặc theo tháng/quý, tùy quy định.

Đối với nhóm 2

Nếu sàn TMĐT có chức năng thanh toán, sàn sẽ tiếp tục khấu trừ thuế GTGT và TNCN theo tỷ lệ trên doanh thu và nộp thay cho cơ quan thuế. Nhà thuốc chỉ cần đối chiếu doanh thu hằng quý khi kê khai.

Nếu tổng doanh thu cả năm xuống dưới 200 triệu, phần thuế đã khấu trừ sẽ được hoàn hoặc bù trừ. Nếu bán trên sàn không có chức năng thanh toán, nhà thuốc phải tự kê khai theo tháng hoặc theo quý, giống hoạt động tại cửa hàng.

Đối với nhóm 3

Nhà thuốc doanh thu lớn bán hàng trên sàn TMĐT cũng tuân theo hai trường hợp giống nhóm 1 và 2. Nếu sàn TMĐT có chức năng thanh toán, sàn sẽ khấu trừ và nộp thay thuế theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu bán qua sàn. Nhà thuốc cần tổng hợp dữ liệu này khi kê khai để đối chiếu với hệ thống kế toán doanh nghiệp.

Nếu sàn không có chức năng thanh toán, nhà thuốc phải tự kê khai thuế GTGT và TNCN theo phương pháp GTGT khấu trừ và TNCN theo thu nhập tính thuế. Việc kê khai thực hiện theo tháng hoặc theo quý tùy mức doanh thu năm.

Cách tính thuế GTGT và TNCN cho nhà thuốc từ 1/1/2026

Cách tính đối với nhà thuốc thuộc nhóm 2

Thuế GTGT:

Được tính theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu với công thức:

Thuế GTGT phải nộp = Doanh thu × Tỷ lệ %

Tỷ lệ % áp dụng tùy ngành hàng, mặt hàng dược theo quy định:

Hộ kinh doanh là 1-5% tính trên doanh thu
Doanh nghiệp là 5% đối với thuốc kê đơn, 10% đối với thực phẩm chức năng, dược liệu.

Thuế TNCN:

Thuế TNCN tính theo tỷ lệ % trên doanh thu, tùy lĩnh vực kinh doanh:

Thuế TNCN phải nộp = Doanh thu × Tỷ lệ %

Tỷ lệ được quy định riêng theo ngành nghề, đối với nhà thuốc thường dao động từ 0,5% trở lên tùy nhóm hàng.

Ví dụ: Nhà thuốc có doanh thu 1,2 tỷ đồng trong năm 2026. Giả sử tỷ lệ thuế GTGT là 3% và thuế TNCN là 0,5%.

Thuế GTGT = 1.200.000.000 × 3 % = 36.000.000 đồng
Thuế TNCN = 1.200.000.000 × 0,5 % = 6.000.000 đồng

=> Tổng thuế phải nộp: 42.000.000 đồng kê khai theo quý.

Công thức tính thuế đối với hộ kinh doanh nhóm 2

Cách tính đối với nhà thuốc thuộc nhóm 3

Thuế GTGT:

Nhà thuốc bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ theo công thức:

Thuế GTGT = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Nhà thuốc cần đầy đủ hóa đơn chứng từ hợp lệ để được khấu trừ thuế đầu vào tương tự doanh nghiệp.

Thuế TNCN:

Được tính theo thu nhập tính thuế, áp dụng thuế suất 17%:

Thuế TNCN phải nộp = Thu nhập tính thuế × 17%

Trong đó: Thu nhập tính thuế = Doanh thu – Chi phí hợp lý, hợp lệ

Chi phí hợp lệ bao gồm: Chi phí mua thuốc, chi phí nhân viên, mặt bằng, vận chuyển, khấu hao, công cụ dụng cụ và các khoản chi hợp pháp khác.

Ví dụ: Nhà thuốc có doanh thu 5 tỷ đồng trong năm 2026. Thuốc bán ra thuộc nhóm thuế suất 5% và giả sử thuế GTGT đầu vào được khấu trừ là 180.000.000 đồng và chi phí hợp lệ là 4.200.000.000:

Thuế GTGT:

Thuế GTGT đầu ra = 5.000.000.000 × 5% = 250.000.000 đồng

=> Thuế GTGT phải nộp = 250.000.000 – 180.000.000 = 70.000.000 đồng.

Thuế TNCN

Thu nhập tính thuế = 5.000.000.000 – 4.200.000.000 = 800.000.000 đồng

=> Thuế TNCN phải nộp = 800.000.000 × 17% = 136.000.000 đồng

=> Tổng thuế phải nộp: 206.000.000 đồng/năm

>>> Tra cứu thuế suất thuế TNCN, GTGT với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại đây.

Công thức tính thuế đối với hộ kinh doanh nhóm 3

Một số câu hỏi thường gặp về thuế cho nhà thuốc từ 1/1/2026

Nhà thuốc chuyển từ thuế khoán sang thuế kê khai sẽ tự làm hay được gửi thông báo?

Khi nhà thuốc chuyển từ thuế khoán sang thuế kê khai, cơ quan thuế sẽ thông báo và hướng dẫn lộ trình thực hiện. Tuy nhiên, chủ nhà thuốc vẫn cần chủ động thực hiện các thủ tục kê khai theo đúng thời hạn để đảm bảo tuân thủ quy định.

Nhà thuốc doanh thu 220 triệu đồng có bắt buộc xuất hóa đơn điện tử không?

Hiện nay, nhà thuốc doanh thu 220 triệu đồng không bắt buộc phải xuất hóa đơn điện tử, tuy nhiên khi khách hàng yêu cầu hoặc khi nhà thuốc cung cấp hàng cho công ty/tổ chức thì cần xuất hóa đơn điện tử hợp pháp.

Nếu đã tạm nộp thuế theo doanh thu dự kiến nhưng cuối năm doanh thu thực tế dưới 200 triệu thì có được hoàn thuế không?

Trong trường hợp nhà thuốc đã nộp thuế khoán theo doanh thu dự kiến và trên thực tế doanh thu cuối năm dưới 200 triệu thì nhà thuốc sẽ được hoàn phần thuế nộp thừa sau khi quyết toán.

Nhà thuốc mua hàng có hóa đơn đầu vào 200 triệu đồng có được khấu trừ thuế đầu vào không?

Nhà thuốc chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn 200 triệu đồng nếu khoản thanh toán này được thực hiện qua hình thức thanh toán không dùng tiền mặt theo đúng quy định. Trường hợp bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc sử dụng hình thức thanh toán không phù hợp pháp luật thì hóa đơn đó không đủ điều kiện để khấu trừ hoặc hoàn thuế.

Kết luận

Chính sách thuế mới từ ngày 1/1/2026 mang lại sự minh bạch và thống nhất cho hoạt động của các nhà thuốc và hộ kinh doanh. Dù có nhiều thay đổi, nhưng việc phân loại theo doanh thu giúp cơ sở nhỏ không bị áp lực, các nhà thuốc lớn sẽ có cơ hội quản lý chuyên nghiệp hơn, được khấu trừ thuế và mở rộng quy mô dễ dàng hơn.

Mediphar USA hy vọng bài viết đã giúp bạn hiểu rõ về thuế nhà thuốc 2026, cách tính thuế và các quy định liên quan. Nếu bạn cần nguồn nhập đa dạng TPCN chất lượng, uy tín, đầy đủ hóa đơn, chứng từ minh mạch, hãy liên hệ ngay hotline 0903 893 866 của Mediphar USA để được tư vấn.

Hơn 150 sản phẩm thực phẩm chức năng và mỹ phẩm giá tốt từ nhà máy Mediphar USA

Quý khách hàng vui lòng điền thông tin liên hệ vào form bên dưới để được đội ngũ tư vấn của Mediphar USA liên hệ lại trong thời gian sớm nhất!

Nguồn tham khảo:

Mời bạn đánh giá chất lượng bài viết!

MEDIPHARUSA

Đã kiểm duyệt nội dung

Mediphar USA tự hào là đơn vị tiên phong trong lĩnh vực sản xuất, gia công và phân phối thực phẩm chức năng bảo vệ sức khỏe và mỹ phẩm tại Việt Nam. Với hơn 20 năm kinh nghiệm và sở hữu nhà máy sản xuất đạt chuẩn GMP đầu tiên tại khu vực phía Nam, chúng tôi cam kết mang đến những sản phẩm chất lượng vượt trội, đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe của người tiêu dùng.